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Génomique structurale, génomique fonctionnelle - Bernard Dujon


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Auteur(s) :
DUJON Bernard

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Les chapitres


Génomique structurale, génomique fonctionnelle - Bernard Dujon

Une conférence du cycle : Qu'est ce que la vie ? Où en est la connaissance du génome

Par Bernard Dujon.

  •  
    Label UNT : UNIT
  •  
    Date de réalisation : 8 Juin 2008
    Durée du programme : 73 min
    Classification Dewey : ADN - Génomes
  •  
    Catégorie : Conférences
    Niveau : Tous publics / hors niveau
    Disciplines : Sciences du vivant, Génétique
    Collections : Qu'est ce que la vie ? Où en est-on de la connaissance du génome ?
    ficheLom : Voir la fiche LOM
  •  
    Auteur(s) : DUJON Bernard
    producteur : UTLS - la suite
    Réalisateur(s) : UTLS - la suite
  •  
    Langue : Français
    Mots-clés : ADN, génétique, génomes
 

commentaires


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Balthazar 15/05/2016 05h30

En retour à 19 conférences, ce thème me permet d’émettre 1 réflexion :
Dans la comparaison des génomes : une analogie avec les secteurs économiques.

Les génomes comme des sociétés humaines ?
La diapositive 26 du Docteur DUJON vient à bout des contre-intuitions qui auraient plaqué aux gènes l’image directe que nous avons de nous-mêmes et des autres. Ni leur nombre, ni leur qualité, ni leurs proportions ne paraissent refléter notre complexité. Par contre, leurs fonctions, régulations et évolution font entrevoir des spécificités. 2 fromages distinguent nettement la part dévolue aux :
F°(bleu) -gènes codant pour les protéines  levure ≃ 65% | Homme ≃ 3%
R°É°(rouge) -introns, UTR, pseudogènes (réunis)  levure ≃ 5% | Homme ≃ 40%
R° É° (beige) -éléments mobiles  levure ≃ 5% | Homme ≃ 40%
R° É° (vert) -autres régions levure ≃ 25% | Homme ≃ 17%

Si jamais la synthèse des protéines est assimilée à l’agriculture, l’Homme serait parvenu à se nourrir en ne sollicitant que 3% de ses gènes, comme le font les pays les plus développés.
Le nombre de familles de protéine est seulement de 4000 chez la levure, alors qu’il en existe 10 000 pour l’Homme, ce qui indiquerait qu’avec 21 fois moins de paysans nous réussissons pourtant à doubler la variété des ‘aliments’.

Le chercheur a englobé les 3 catégories suivantes sous les vocables de Régulations et Évolution…
Mais nous serions tentés de rapprocher la seconde, qui comporte entre autres les Pseudogènes de la première et d’y voir le secteur secondaire : l’industrie.

Ainsi, les Éléments mobiles, pourraient correspondre aux services.

Enfin, les Autres sont le second regroupement qui soit plus abondant (un peu) chez une simple levure que chez l’Homme en valeur relative.
Le problème est qu’en refaisant les calculs à partir des valeurs absolues, l’on ne retombe pas sur le diagramme circulaire. On trouve environ 94% de gènes codant pour les fonctions de la levure et 88% d’Éléments mobiles sont attribuables à l’Homme…
Il est possible qu’afin d’améliorer la pédagogie de son message, le conférencier ait appliqué une transformation d’échelle (logarithme par exemple) de sorte que les valeurs faibles se détachent sur l’écran.
Une erreur est envisageable (1 100 000 ?) mais le biais n’est pas localisé.
Surtout, plusieurs unités de mesures sont possibles : ici, il était plus parlant de recenser le nombre d’entités dans l’absolue, mais il paraît plus juste de prendre la quantité exacte de paires de bases qui composent chacun de ces éléments variés, car cela est plus approprié pour des volumes relatifs…

Voici recopié son tableau :
F°(bleu) -gènes des protéines (L) 6 000 (4 100 sortes)  (H) 23 000
R°É°(rouge) -Introns (très peu) (L) 280  > (H) 100 000
R°É°(rouge) -Pseudo gènes (L) 10  (H) 25 000 (plus que de gènes)
R° É° (beige) -Éléments mobiles (L) ( (Riz) ?
R°É°(rouge) -Pseudo gènes (Arabidopsis) 859  (Riz) ?
R° É° (beige) -Éléments transposables (Arabidopsis) 3959  (Riz) 15236

Effectivement :
Le secteur primaire est plus développé,
Le secondaire semble moyen,
Le tertiaire est beaucoup plus poussé que chez la levure, mais bien moins que chez l’Homme.

Alors, il nous faut d’abord expliquer une conception qui nous est propre, selon laquelle il y aurait en fait 4 secteurs. Le dernier serait en voie d’édification, et résiderait dans le « capitalisme cognitif » (que nous empruntons soit à Serge-Christophe KOLM, soit à Yann MOULIER-BOUTANG) (Expression dont la fortune est pour l’instant mitigée.)

Nous savons que la théorie des secteurs, comme celle de MASLOW, n’est que partiellement hiérarchisée. Mais à l’aune de cette ‘dia’ nous disons qu’il serait même plus logique qu’initialement, n’existent que les secteurs 1 et 4. En effet, il est toujours nécessaire, en plus du manger : de communiquer un minimum, d’échanger des informations. Même si, à la limite, il y a toujours eu aussi quelque industrie, ne serait-ce que lithique, et des services : garde des enfants, repas, l’on voit bien que cela suppose déjà une spécialisation des tâches… Alors que même les animaux interagissent et notamment par des vocalises. C’est d’ailleurs un des critères qui brouille le débat, précisément parce que l’on tient en haute estime le langage, et que les chants de baleines, les danses d’abeilles, les perroquets et autres martins tristes nous interpellent. Depuis que les éthologues ont levé le voile sur l’essentiel de ses ‘discours’ (Bertrand DEPUTTE : haut : oiseau, moyen : tigre, bas : serpent pour les singes) l’argument est ravalé au niveau des outils (industrie), qui objectivement montrent leurs limites, tout comme les comportements sociaux (services) tels qu’épouillage, préliminaires sexuels, rivalités politiques.

Quelques secondes avant l’exposé de ces chiffres (min 39), Bernard DUJON expliquait que : « nous perdons régulièrement des gènes (30 à 50 délétion nouvelle à chaque génération) » que : « tous les génomes changent continuellement à chaque génération ». Et cela recoupe les travaux d’Antoine DANCHIN (questionné là-dessus avec succès) qui met en exergue la nécessité d’économiser les Espaces de conservation des données. La synthèse, consiste à dire plus avec moins, selon un principe d’efficience qui fait sens ici. (Rasoir d'OCKHAM.)
À relier aussi avec la diapositive n°35, 36, 38 d’Hugues ROEST-CROLLIUS.
 

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